برای شکایت از تخلف بیمارستان‌ها مراجع مختلفی در نظر گرفته شده‌اند که بر حسب نوع شکایت، نوع آسیب، نوع خطا و تقصیر بیمارستان و کادر درمان، از صلاحیت‌های مختلفی برخوردار هستند. بنابراین برای شکایت از بیمارستان به مراجع قضایی باید آشنایی کلی با نوع موضوع شکایت و همچنین صلاحیت مرجع رسیدگی کننده به شکایت خود داشته باشید. شکایت از بیمارستان به دادگاه‌های عمومی رسیدگی به تمامی اموری که انجام یا عدم انجام آن‌ها در قوانین مدنی و جزایی کشور، تحت عنوان جرم معرفی شده اند و برای آن‌ها مجازات تعیین گردیده است، در صلاحیت دادگاه‌های عمومی است. بنابراین می‌توان شکایت علیه بیمارستان و کادر درمانی و اداری متخلف را اعم از جنبه جزایی یا حقوقی آن در این دادگاه‌ها ثبت نمود. با توجه به اینکه رسیدگی به دعاوی پزشکی، تخصصی بوده و نیاز به بررسی‌های کارشناسان و متخصصان این حوزه دارد، قوه قضاییه دادسرای جرایم پزشکی را به طور ویژه به جرایم پزشکی و دارویی اختصاص داده است. شکایت از بیمارستان به دادسرای جرایم پزشکی شعبه اصلی دادسرای جرایم اصلی در تهران واقع است؛ دادسرای جرایم پزشکی صلاحیت رسیدگی به پرونده‌های تخلفات بیمارستان را در تمامی سطوح دارا می‌باشد. مراحل رسیدگی به شکایت علیه بیمارستان در این مرجع، بدین صورت است که بیمار باید دادخواست خود را به همراه مستندات و مدارک ارائه نموده و شکایت خود را ثبت نماید. موضوع جهت بررسی به کمیسیون‌های تخصصی پزشکی این دادسرا ارجاع می‌گردد. در صورتی که قصور کادر درمانی و پزشک ثابت شود، تیم پزشکی برای ادای توضیحات به دادسرا احضار خواهند شد. تصمیم نهایی دادسرا درباره پرونده به دو روش خواهد بود: در صورت احراز تخلف پزشکی و درمانی، حکم کیفرخواست را صادر نموده و پرونده را به دادگاه ارسال می‌کند. دادگاه عمومی جزایی بر اسای محتویات پرونده، نظریه کارشناس و دفاعیات هر دو طرف، اقدام به صدور رای می‌نماید. در صورتی که برای قاضی ثابت شود که قصوری رخ نداده است، قرار منع یا موقوفی تعقیب را صادر می‌کند. شکایت از بیمارستان از طریق شورای حل اختلاف (ویژه امور بهداشت) شورای حل اختلاف ویژه امور پزشکی به عنوان یکی دیگر از مراجع صالح برای شکایت علیه بیمارستان می‌باشد. اعضای این شورا متشکل از کارشناسان و متخصصان رشته‌های پزشکی و مورد تایید سازمان نظام پزشکی هستند. پرونده‌هایی که به این شورا ارجاع می‌شوند باید دارای مبلغ خواسته ایی کمتر از ۵ میلیون تومان باشند؛ یا توافق طرفین پرونده بر این باشد که موضوع شکایت در این شورا رسیدگی و حل و فصل شود. بیشترین پرونده‌هایی که در شورای حل اختلاف پزشکی مورد بررسی قرار می‌گیرند، شکایت‌هایی است که مبلغ مطالبه شده یا دیه در نظر گرفته شده، تا سقف پنج میلیون تومان می‌باشد. صلاحیت شورای حل اختلاف امور پزشکی شامل موارد زیر است: رسیدگی به اختلافات اعضای جامعه پزشکی با یکدیگر اختلافات جامعه پزشکی با سایر اشخاص اعم از حقیقی و حقوقی گزارش تخلف بیمارستان به وزارت بهداشت یکی دیگر از راهکارهایی که برای شکایت علیه بیمارستان و گزارش تخلفات آن‌ها پیش بینی شده است، تماس با واحد رسیدگی به شکایات وزارت علوم پزشکی است. می‌توانید از طریق دو شماره تلفن ۱۶۹۰ و ۱۵۹۰ شکایات خود را از مراکز درمانی و بیمارستان‌ها مطرح نمایید. وظایف واحد رسیدگی به شکایات مردمی و بیماران از بیمارستان‌ها عبارتند از: راهنمایی و مشاوره ارباب رجوع جهت طرح شکایت و دریافت شکایات از ارباب رجوع‌ها دریافت و بررسی شکایات از سامانه ۱۵۹۰ و درخواست بازدید و پیگیری تا حصول نتیجه پاسخ به شکایات سامانه ۱۶۹۰ و پیگیری تا حصول نتیجه اعلام تذکر به مراکز با توجه به تخلف صورت گرفته بررسی و پاسخ مکاتبات وزارت بهداشت، دادسرای جرایم پزشکی، سازمان تعزیرات، سازمان نظام پزشکی مربوط به شاکیان این ارگان‌ها ارائه گزارش عملکرد واحد شکایات به ارگان‌های مرتبط انجام امور مربوط به پرونده‌های کمیسیون ماه ۱۱ (سازمان تعزیرات حکومتی) بازدید از مراکز و ارزیابی عملکرد مراکز تابعه در ارتباط با تعرفه‌های مصوب و انجام محاسبات مالی پرونده‌های پزشکی مکاتبات جهت دریافت مستندات و پرونده شاکی از مراکز اعلام تذکر به مراکز با توجه به تخلف صورت گرفته اجرای احکام قضایی بررسی شکایت از طریق بازدید، مکاتبه، تهیه گزارش و پاسخگویی به شاکی رسیدگی به شکایات واصله از مراجع دیگر اعم از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، دفتر بازرسی دانشگاه و پاسخگویی به مرجع ارسال شکایت پاسخگویی به استعلام‌های موسسات در سامانه صدور پروانه‌ها